# Inset figures with overlays
# 3 April 2013
# NJG


par.default <- par(no.readonly=TRUE)
set.seed(102)

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# create a stochastic increasing time series

x <- 1:1000
y <- rgamma(1000,shape=2,scale=1) + 0.01*x

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# select a time slice for plotting
slice <- 300:450

# create the main graph

par(mar=c(5,6,1,1))
plot(x[slice],y[slice],xlim=range(slice),col="gray",type="l",
     xlab="Time",ylab="Temperature",
     font.lab=2,cex.lab=1.5,las=1,ylim=range(y[slice]))

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#add par commands to strip margins, overplot, and place the inset

par(new=TRUE) # overlay existing plot
par(mar=c(0,0,0,0)) # strip out the margins for the inset plot
par(fig=c(0.4,0.7,0.80,0.94)) # fig shrinks and places relative to figure region

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# separately create the inset graph

plot(x,y,type="l",ann=FALSE)
rect(slice[1],-1,slice[length(slice)],1000,col="gray",border=NA)
box()
lines(x,y)

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par(par.default)